Dalam kunjungan kerjanya di Makassar, Menkopolhukam Mahfud MD menegaskan bahwa pengelola Pondok Pesantren Al-Zaytun terindikasi kasus hukum. Selain itu, Mahfud MD juga membenarkan bahwa Pondok Pesantren Al-Zaytun dulunya merupakan bagian dari Komandemen 9 dari Negara Islam Indonesia (NII).