Sebelum BKN, dulunya lembaga ini bernama Kantor Urusan Pegawai atau (KUP). Dibentuk dengan Peraturan Pemerintah Nomor 11 Tahun 1948 pada 30 Mei 1948 dan berkedudukan di Yogyakarta. Dulunya kantor ini dipimpin oleh seorang Kepala yaitu Raden Pandji Soeroso. Seiring berjalannya waktu, KUP inilah yang menjadi cikal bakal terbentuknya BAKN. Lalu pada 30 Mei 1948 ditetapkanlah sebagai tanggal lahirnya BAKN.

KUP memiliki tugas pokok yaitu mengurus segala sesuatu mengenai kedudukan dan gaji pegawai negeri. Selain itu, juga bertugas sebagai pengawas  dari segala peraturan-peraturan agar terlaksana dengan tepat. 

Seiring perkembangan zaman, peran aparatur pemerintah kian dirasakan. Pemerintah menganggap perlu adanya penetapan kembali kedudukan, fungsi, tugas, dan organisasi KUP. Karena hal tersebut, KUP kemudian diubah menjadi Badan Administrasi Kepegawaian Negara (BAKN). BAKN ditetapkan sebagai sebuah lembaga pemerintah non departemen yang berkedudukan langsung di bawah dan bertanggung jawab kepada Presiden.

Melaksanakan tugas pemerintahan di bidang manajemen kepegawaian negara sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.