PT Pelindo Daya Sejahtera memiliki beberapa wilayah kerja yang tersebar di Indonesia, di antaranya:

1. Kantor Pusat Pelindo III

2. Unit Tanjung Perak

3. Unit Benoa

4. Unit Tanjung Emas

5. Unit Tanjung Intan

6. Unit Banjarmasin

7. Unit Lembar

8. Unit Celukan Bawang

9. Unit Kotabaru

10. Unit Sampit

11. Unit Kumai

12. Unit Kupang

13. Terminal Teluk Lamong

14. TPK Semarang

15. Unit Maumere

16. PT PMS

17. Unit Tanjung Wangi

PT PDS pun telah bermitra dengan beberapa perusahaan di Indonesia, yaitu dengan:

1. PT Pelindo III

2. PT Terminal Teluk Lamong

3. PT Berlian Jasa Terminal Indonesia 

4. PT Pelindo Marine Service

5. PT Pelindo Properti Indonesia

6. PT Pelindo Energi Logistik

7. RS PHC

8. PT Ambapers

Perseroan pun memiliki beberapa program unggulan, antara lain:

1. PDS Training Center

2. PDS Career & Recruitment Center

3. TKBM Center