Meski sudah bermain sepak bola profesional dari tahun 2005 atau ketika ia berumur 18 tahun, namun Fernando punya catatan yang kurang memuaskan pada seragam tim nasional Brasil. Ia terhitung hanya menjadi bagian dari Tim Nasional Brasil U-20 pada Kejuaraan Junior Amerika Selatan pada 2007. 

Meski tak kunjung mendapatkan debut Tim Nasional Senior Brasil, namun Fernando tetap setia menunggu debut itu karena sedari kecil ia bermimpi untuk berseragam Tim Nasional Brasil. Bahkan pada Januari 2013 ia bersumpah hanya akan membela Tim Nasional Brasil sepanjang hidupnya.

Sebagai seorang gelandang bertahan, Fernando dituntut untuk mampu memutus serangan yang akan membahayakan lini pertahanan tim yang ia bela. Tak jarang, hal ini membuat ia musti mengoleksi kartu kuning atau bahkan merah guna mencegah timnya kebobolan.

Permainan keras Fernando membuat ia terkadang mendapat ganjaran, salah satunya adalah ketika ia dilarang bertanding selama satu tahun penuh oleh Federasi Sepak Bola Amerika selatan atau COMNEBOL setelah perlakuan tak terpujinya di Kejuaraan Junior Amerika Selatan pada 2007.