BPTJ mempunyai tugas mengembangkan, mengelola, dan meningkatkan pelayanan transportasi secara terintegrasi di wilayah Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang dan Bekasi dengan menerapkan tata kelola organisasi yang baik.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud diatas, BPTJ menyelenggarakan fungsi:

1. Koordinasi dan sinkronisasi penyusunan rencana umum dan rencana program kegiatan Kementerian / Lembaga dan Pemerintah Daerah dalam rangka pengembangan dan peningkatan pelayanan transportasi yang terintegrasi di wilayah Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang dan Bekasi berdasarkan Rencana Induk Transportasi Perkotaan Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang dan Bekasi;
2. Koordinasi dan sinkronisasi perencanaan kebutuhan anggaran dalam rangka pelaksanaan rencana umum dan rencana program kegiatan dalam rangka pengembangan dan peningkatan pelayanan transportasi yang terintegrasi di wilayah Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang dan Bekasi;
3. Fasilitasi teknis, pembiayaan dan/atau manajemen dalam rangka peningkatan penyediaan pelayanan angkutan umum perkotaan di wilayah Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang dan Bekasi;
4. Fasilitasi teknis, pembiayaan dan/atau manajemen dalam rangka pengembangan dan peningkatan sarana dan prasarana penunjang penyediaan pelayanan angkutan umum perkotaan di wilayah Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang dan Bekasi;
5. Fasilitasi teknis, pembiayaan dan/atau manajemen dalam rangka pelaksanaan manajemen permintaan lalu lintas di wilayah Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang dan Bekasi;
6. Penyusunan rencana pelaksanaan, perencanaan kebutuhan anggaran, dan pelaksanaan program kegiatan transportasi dalam Rencana Induk Transportasi Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang dan Bekasi yang tidak termasuk dalam rencana umum dan rencana program kegiatan transportasi dari Kementerian / Lembaga dan Pemerintah Daerah;
7. Penyiapan usulan regulasi dan kebijakan dalam kaitannya dengan penyelenggaraan transportasi yang terintegrasi di wilayah Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang dan Bekasi;
8. Pemberian rekomendasi penataan ruang yang berorientasi angkutan umum massal;
9. Pemberian perijinan angkutan umum yang melampaui batas propinsi di wilayah Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang dan Bekasi dan pemberian rekomendasi untuk angkutan terusan (feeder service);
10. Pemantauan, evaluasi dan pelaporan terhadap pelaksanaan rencana umum dan program pengembangan dan pelayanan transportasi yang terintegrasi di wilayah Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang dan Bekasi;
11. Melakukan koreksi dan pemberian sanksi terhadap pelanggaran Rencana Induk Transportasi Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang dan Bekasi yang dilakukan oleh instansi, operator dan pihak lainnya; dan
12. Pelaksanaan kegiatan lain yang ditetapkan oleh Menteri Perhubungan.