Qunut Subuh dibaca dalam salat subuh pada i'tidal rakaat akhir. Menurut Mazhab Syafi'i, qunut termasuk sunnah ab'adhnya salat. Yakni sesuatu yang disunahkan dalam salat dan jika lupa atau sengaja ditinggalkan salat tetap sah.

Hanya saja, disarankan jika qunut ditinggalkan, sebaiknya seseorang menggantinya dengan sujud sahwi setelah tasahud akhir dan sebelum salat.

اَللّٰهُمَّ اهْدِنِىْ فِيْمَنْ هَدَيْتَ وَعَافِنِي فِيْمَنْ عَافَيْتَ وَتَوَلَّنِىْ فِيْمَنْ تَوَلَّيْتَ وَبَارِكْ لِىْ فِيْمَا اَعْطَيْتَ وَقِنِيْ شَرَّمَا قََضَيْتَ، فَإِنَّكَ تَقْضِىْ وَلاَ يُقْضَى عَلَيْكَ وَإِ نَّهُ لاَ يَذِلُّ مَنْ وَالَيْتَ وَلاَ يَعِزُّ مَنْ عَادَيَْتَ تَبَارَكْت رَبَّنَا وَتَعَالَيْتَ فَلَكَ الْحَمْدُ عَلَى مَا قَضَيْتَ أَسْتَغْفِرُكَ وَاَتُوْبُ اِلَيْكَ وَصَلَّى اللّ عَلَى سَيِّدَنَا مُحَمَّدٍ النَّبِيِّ اْلاُمِّيِ وَعَلَى آلِهِ وَصَحْبِهِ وَسَلَّم

"Allaahumahdinii fiiman hadait, Wa aafinii fiiman aafait, Watawallani fiimantawallait, Wabaariklii fiimaaa toit, Waqini birahmatika syaramaa qadhait, Fainnakataqdhi walayuqdha alaik, Wainnahu layadzillu mawwalait, Walaya idzuman aadait, Tabarak tarabannaa wata aalait, Falakal hamdu alamaa qadhait, Astagfiruka wa atuubu ilaik, Washallalloohu ala sayyidinaa muhammadin nabiyyil ummiyyi wa ala aalihi washahbihi wabaarik wasallam"

Artinya: Ya Allah semoga Engkau memberikan petunjuk kepadaku dengan orang yang telah Engkau berikan petunjuk, Dan semoga Engkau memberikan keselamatan kepadaku dengan orang yang telah Engkau berikan keselamatan, Dan semoga Engkau memberikan pertolongan kepadaku dengan orang yang telah Engkau berikan pertolongan, Dan semoga Engkau memberikan berkah kepadaku dari hal yang telah Engkau tetapkan, Dan semoga Engkau memeriksa kami dari rahmat-Mu dari keburukan yang telah Engkau tetapkan, Dan sesungguhnya Engkaulah yang Maha Menghukumi dan tidak ada yang bisa menghukummu, Dan sesungguhnya Engkau tidak bisa hina, orang yang Engkau sayang, Dengan tidak memuliakan orang yang di musuhi oleh-Mu, Dan Mahatinggi Allah maka tetap segala puji bagi-Mu, Oleh hal yang sudah Engkau hukum, aku memohon pengampunan dan taubat kepada-Mu, Dan semoga Engkau menambahkan rahmatnya kepada gusti kita nabi muhammad yang menjadi nabi, dan semua umat Nabi Muhammad dan para sahabatnya, Semoga Allah menambahkan keberkahan dan keselamatan.

Imam Nawawi menerangkan dalam kitab Majmu’nya:

“Dalam Madzhab kita (madzhab Syafi’i) disunnahkan membaca doa Qunut dalam salat Shubuh, baik karena ada mushibah maupun tidak. Inilah pendapat mayoritas ulma’ salaf” (al-Majmu’, juz 1: 504)

Dalam melaksanakan salat Subuh, jika imam Qunut maka kamu harus ikut doa Qunut dan jika tidak maka juga tidak. Sebagaimana disampaikan Ali bin Abi Thalib dan Mu’adz bin Jabal:

“Nabi Shallallahu ‘alaihi wa sallam bersabda,”Apabila salah seorang dari kalian mendapatkan shalat dan imam sedang dalam suatu keadaan, maka hendaklah ia berbuat seperti imam berbuat.” [HR at Tirmidzi, dan dishahihkan al Albani dalam Shahih Sunan at Tirmidzi, no. 484]

Syaikhul Islam Ibnu Taimiyah berkata:

فَيُشْرَعُ أَنْ يَقْنُتَ عِنْدَ النَّوَازِلِ يَدْعُو لِلْمُؤْمِنِيْنَ وَيَدْعُو عَلَى الْكُفَّارِ فِي الْفَجْرِ وَغَيْرِهَا مِنَ الصَّلَوَاتِ، وَهَكَذَا كَانَ عُمَرُ يَقْنُتُ لّمَّا حَارَبَ النَّصَارَى بِدُعَائِهِ الَّذِي فِيْهِ (اَللَّهُمَّ الْعَنْ كَفَرَةَ أَهْلِ الْكِتَابِ)

“Doa qunut nazilah disyariatkan ketika terjadi musibah atau bencana. Mendoakan keselamatan orang-orang beriman dan memohon kehancuran atas orang-orang kafir ketika salat Subuh atau shalat fardhu lainnya. Seperti ini pula Umar ibnul Khattab melakukan doa qunut nazilah ketika memerangi orang-orang Nasrani yang dalam doanya itu ada kalimat, “Ya Allah, laknatlah keingkaran Ahlul Kitab!” (Majmu’ al-Fatawa, 22/270)

اَللَّهُمَّ اغْفِرْ لَنَا وَلِلْمُؤْمِنِيْنَ وَالْمُؤْمِنَاتِ وَالْمُسْلِمِيْنَ وَالْمُسْلِمَاتِ وَأَلِّفْ بَيْنَ قُلُوبِهِمْ وَأَصْلِحْ ذَاتَ بَيْنِهِمْ وَانْصُرْهُمْ عَلَى عَدُوِّكَ وَعَدُوِّهِمْ,اَللَّهُمَّ الْعَنْ كَفَرَةَ أَهْلَ الْكِتَابِ الَّذِيْنَ يَصُدُّونَ عَنْ سَبِيْلِكَ وَيُكَذِّبُونَ رُسُلَكَ وَيُقَاتِلُونَ أَوْلِيَائَكَ, اَللَّهُمَّ خَالِفْ بَيْنَ كَلِمِهِمْ وَزَلْزِلْ أَقْدَامَهُمْ وَأَنْزِلْ بِهِمْ بَأْسَكَ الَّذِيْ لاَ تَرُدُّهُ عَنِ الْقَوْمِ الْمُجْرِمِيْنَ

“Allahummaghfir lanaa walilmu’miniina walmu’minaati walmuslimiina walmuslimaati walif baina quluubihim wa aslih dzata bainihim wanashurhum ‘alaa adzuwwika wa’adzuwihim”. “Allahummal’an kafarata ahlal kitaabi alladzina yashudduna ‘an sabiilika wayukadzibuuna rusulaka wayuqootiluuna auliyaaika”.

“Allahumma kholiif baina kalimihim wazalzil iqdaamahum wainzil bihim ba sakallladzii latarudduhuu ‘anilqaumil mujrimiin”

"Ya Allah! Ampunilah kami, kaum mukminin dan mukminat, muslimin dan muslimat. Persatukanlah hati mereka. Perbaikilah hubungan di antara mereka dan menangkanlah mereka atas musuh-Mu dan musuh mereka. Ya Allah! Laknatlah orang-orang kafir ahli kitab yang senantiasa menghalangi jalan-Mu, mendustakan rasul-rasul-Mu, dan memerangi wali-wali-Mu. Ya Allah! Cerai-beraikanlah persatuan dan kesatuan mereka. Goyahkanlah langkah-langkah mereka, dan turunkanlah atas mereka siksa-Mu yang tidak akan Engkau jauhkan dari kaum yang berbuat jahat”