Pembangunan MRT di Jakarta sebenarnya sudah direncanakan sejak 1985. Akan tetapi, saat itu proyek MRT belum dinyatakan sebagai proyek nasional. Pada 2005, Presiden Republik Indonesia kemudian menegaskan bahwa proyek MRT Jakarta merupakan proyek nasional. Karena itulah, Pemerintah Pusat dan Pemerintah Provinsi DKI Jakarta lalu mulai bergerak dan saling berbagi tanggung jawab. Pencarian dana disambut oleh Pemerintah Jepang yang bersedia memberikan pinjaman.

Pada 28 November 2006 penandatanganan persetujuan pembiayaan Proyek MRT Jakarta dilakukan oleh Gubernur Japan Bank for International Cooperation (JBIC) Kyosuke Shinozawa dan Duta Besar Indonesia untuk Jepang Yusuf Anwar. JBIC pun mendesain dan memberikan rekomendasi studi kepada Pemerintah Provinsi DKI Jakarta. Telah disetujui pula kesepakatan antara JBIC dan Pemerintah Indonesia, untuk menunjuk satu badan menjadi satu pintu pengorganisasian penyelesaian proyek MRT ini.

PT MRT Jakarta memiliki visi, yaitu "Menjadi penyedia jasa transportasi publik terdepan yang berkomitmen untuk mendorong pertumbuhan ekonomi melalui peningkatan mobilitas, pengurangan kemacetan, dan pengembangan sistem transit perkotaan". Karena itulah, untuk mencapai kesuksesan visi tersebut, perlu adanya misi yang harus dilakukan, antara lain:

1. Pengembangan dan pengoperasian jaringan transportasi publik yang aman, terpercaya, dan nyaman;
2. Menghidupkan kembali lingkungan perkotaan melalui pengembangan transit perkotaan ternama; dan,
3. Membangun reputasi sebagai perusahaan pilihan dengan melibatkan, menginspirasi, dan memotivasi tenaga kerja kami.