Pendidikan Yaqut dimulai dari SDN Kutoharjo lulus pada 1987. Kemudian lanjut ke SMPN 11 Rembang lulus pada 1990.

Yaqut pun melanjutkan pendidikan SMA di SMAN II Rembang dan lulus pada 1993. Kemudian kuliah Sarjana mengambil jurusan Sosiologi di Universitas Indonesia atau UI.

Saat menempuh studi di UI, Yaqut juga aktif di organisasi Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII) Cabang Depok sebagai salah seorang pendirinya pada 1996-1999.

Sebagai kader PKB di Rembang, Yaqut pun dipercaya menjadi Ketua Dewan Pimpinan Cabang (DPC) Kabupaten Rembang pada 2001-2014.

Pada 2005, Yaqut memutuskan terjun ke politik praktis dan terpilih sebagai Anggota Dewan Perwakilan Daerah (DPRD) Rembang dari PKB.

Dan pada tahun yang sama pula, ia terpilih sebagai Wakil Bupati Rembang periode 2005-2010. Kemudian, lima tahun berikutnya, Yaqut duduk sebagai anggota DPR RI periode 2015-2019 sebagai Pengganti Antarwaktu (PAW) menggantikan Hanif Dhakiri yang dilantik menjadi Menteri Ketenagakerjaan.

Kala itu, ia duduk di Komisi VI yang meliputi bidang Perdagangan, Perindustrian, Investasi, Koperasi, UKM dan BUMN, serta Standardisasi Nasional.

Yaqut pun kembali menjadi anggota DPR RI pada periode 2019-2024 di Komisi II yang meliputi bidang Pemerintahan Dalam Negeri dan Otonomi Daerah, Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi, Kepemiluan, Pertanahan dan Reforma Agraria.

Selain aktif di dunia politik, Yaqut juga mengabdikan dirinya sebagai Ketua Pimpinan Pusat Gerakan Pemuda Ansor pada 2011-2016.

Kemudian, ia pun secara aklamasi diamanahi sebagai Ketua Umum PP GP Ansor 2015-2020 pada Kongres XV di Pondok Pesantren Pandanaran, Yogyakarta.

Dan saat ini, Jokowi menujuk Yaqut Cholil Qoumas sebagai Menteri Agama untuk menggantikan Fachrul Razi.