Pada awal masa kepemimpinanya, Habibie langsung membentuk sebuah kabinet. Tugas penting Habibie yakni untuk mendapatkan kembali dukungan Dana Moneter Internasional dan program pemulihan ekonomi oleh komunitas Negara-negara donor. Di era pemerintahannya, landasan kokoh bagi Indonesia berhasil ia berikan, diantaranya Undang-Undang Anti Monopoli (Undang-Undang Persaingan Sehat), Undang-Undang Otonomi Daerah dan Undang-Undang Partai Politik. Dampak dari Undang-Undang Otonomi Daerah yang dibuat keras oleh Habibie mampu meredam gejolak dan disintegrasi yang terjadi sejak era Orde Baru. Di periode kepemimpinannya pada tahun 1998-1999, Habibie mengambil keputusan kontroversional, yakni Timor Timur lepas dari Negara Kesatuan Republik Indonesia.

Habibie dikenal sebagai seorang yang pintar dan jenius. Semasa kecil, Habibie memiliki ketertarikan pada bidang teknologi terutama fisika. Sejarah pendidikan Habibie, yakni ia pernah menempuh studi Strata 1 di ITB Bandung, kemudian setelah lulus dari ITB, ia memilih untuk meneruskan studi di Srata 2 dan 3 di Universitas Rhenisch Wesfalische Tehnische Hochscule, Jerman. Habibie melanjutkan program doktoral setelah menikahi Hasri Ainun Besari tahun 1962 yang merupakan teman SMAnya sendiri
.
Selama hidup di Jerman, Habibie dapat membiayai bangku kuliah dan rumah tangganya sendiri. Ia lulus sebagai mahasiswa summa cum laude pada studi S-3nya dengan gelar Doktor Ingeunier (Doktor Teknik). Setelah lulus, Habibie bekerja sebagai Kepala Penelitian atau Perkembangan pada Analisis Struktur Pesawat Terbang di Messerschmitt-Bölkow-Blohm atau MBB Hamburg pada tahun 1965-1969. Kemudian, pada tahun 1969-1973 ia menjabat sebagai Kepala Divisi Metode dan Teknologi Industri Pesawat Terbang Komersial dan militer di MBB.

Presiden ke-6 RI Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) turut hadir dalam pemutaran film Rudy Habibie di XXI Epicentrum, Kuningan, Jakarta Selatan, Sabtu, 25 Juni 2016. Film itu mengisahkan masa muda BJ Habibie sebagai teknokrat.

SBY yang menonton film tersebut hingga usai mengaku merasa bangga dapat menyaksikan sebuah penggalan perjalanan ‎hidup anak bangsa. Menurut dia, film Rudy Habibie yang disutradarai Hanung Bramantyo itu sukses membuat presiden dua periode itu tak ingin melewatkan setiap adegan.

"‎Saya bangga dan tentunya bersyukur atas munculnya salah satu putera bangsa terbaik, Pak Habibie yang penggalan perjalanan hidupnya diabadikan dalam film yang berkualitas tinggi. So, i'm proud," ujar SBY.