Peneliti Kembangkan Perangkat Lunak Pengurutan Gen Lebih Efisien

Liputan6.com, Jakarta - Sekelompok tim peneliti di Johns Hopkins University mengembangkan perangkat lunak baru yang dapat merevolusi cara pengurutan gen, yang jauh lebih efisien dari segi waktu dan biaya.

Di dalam penelitian yang terbit di Nature Biotechnology itu, disebutkan bahwa perangkat lunak ini dapat digunakan dengan alat pengurutan portabel lainnya untuk mempercepat kemampuan melakukan tes genetik dan memberikan diagnosis di luar laboratorium.

Teknologi baru ini menargetkan, mengumpulkan, dan mengurutkan gen tertentu tanpa persiapan sampel dan tanpa harus memetakan materi genetik di sekitarnya seperti yang diperlukan oleh metode konvensional.

"Saya pikir ini akan betul-betul mengubah cara mengurutkan gen," ujar Michael C. Schatz, Associate Profesor yang terlibat di penelitian tersebut dikutip dari keterangan resmi via Eurekalert, Jumat (4/12/2020).

Proses baru ini mempersingkat waktu yang diperlukan untuk profil mutasi gen, yang awalnya memakan waktu 15 hari atau lebih menjadi hanya 3 hari. Dengan demikian, para peneliti dapat memahami dan mendiagnosis kondisi dengan segera, sekaligus menghemat waktu dan biaya dengan menghilangkan persiapan dan analisis tambahan.

Saksikan Video Pilihan di Bawah Ini

"Dalam genomik kanker ada beberapa lusin gen yang diketahui meningkatkan risiko kanker, tetapi dengan pengurutan standar, Anda harus mengurutkan seluruh genom hanya untuk membaca beberapa gen itu," ujar Schatz.

Selain itu, dia juga menegaskan bahwa pengurutan adaptif memungkinkan para peneliti untuk "memilih molekul mana yang ingin dibaca dan molekul mana yang dapat dilewati."

Algoritme dari perangkat lunak ini bersifat terbuka (open source) dan disusun oleh Sam Kovaka, seorang mahasiswa doktoral di JHU.

Alat bernama UNCALLED tersebut, yang merupakan kependekan dari Utility for Nanopore Current Alignment to Large Expanses of DNA, dibuat dalam waktu dua tahun, yang termasuk membuat kode, mengembangkan dan menguji perangkat lunak tersebut, dan satu tahun lainnya untuk fase penyempurnaan, sehingga menghasilkan keluaran yang layak untuk dipublikasikan.