Organisasi Kedokteran Indonesia (IDI) awalnya bermula dari perhimpunan, yang bernama Vereniging van lndische Artsen tahun 1911, dengan tokohnya adalah dr. J.A.Kayadu yang menjabat sebagai ketua dari perkumpulan ini.

Selain itu, tercatat nama-nama tokoh seperti dr. Wahidin, dr Soetomo dan dr Tjipto Mangunkusumo, yang bergerak dalam lapangan sosial dan politik. Pada tahun 1926 perkumpulan ini berubah nama menjadi Vereniging van lndonesische Geneeskundige atau disingkat VIG.

Pada masa dahulu dikenal tiga macam dokter Indonesia, ada dokter Jawa keluaran sekolah dokter Jawa, ada Indische Arts keluaran Stovia dan NIAS serta ada pula dokter lulusan Faculteit Medica Batvienis pada tahun 1927.

Dalam masa pendudukan Jepang (1943), VIG dibubarkan dan diganti menjadi Jawa Isha Hōkokai. Hampir bersamaan berkembang pula Persatuan Thabib Indonesia (Perthabin) cabang Yogya yang dianggap sebagai kelanjutan VIG masa tersebut.

Tidaklah mungkin bahwa Perthabin dan PDI sekaligus merupakan wadah dokter di Indonesia, maka dicapai mufakat antara Perthabin dan Dewan Pimpinan PDI untuk mendirikan suatu perhimpunan dokter baru. Dr. Soeharto berpendapat bahwa perkumpulan dokter yang ada sejak 1911 telah rusak pada zaman kependudukan Jepang.

Selanjutnya digelar muktamar pertama Ikatan Dokter Indonesia (MIDI) di Deca Park yang kemudian menjadi gedung pertemuan Kotapraja Jakarta. (sekarang telah digusur) Sebanyak 181 dokter WNI (62 di antaranya datang dari luar Jakarta) menghadiri Muktamar tersebut. Dalam muktamar IDI itu, Dr. Sarwono Prawirohardjo (sekarang Prof.) terpilih menjadi Ketua Umum IDI pertama.

Berikut nama-nama yang pernah menjadi Ketua Umum Pengurus Besar (PB) IDI dan Ketua IDI Terpilih:

1. dr. Sarwono Prawirohardjo (1950–1951)
2. dr. H.R. Soeharto (1951–1955)
3. Prof. dr. Hendarmin (1955–1956)
4. Prof. dr. M Djoewari (1956–1958)
5. dr. H. R. Soeharto (1958–1960)
6. dr. H. Amino Gondhohutomo (1960–1970)
7. Prof. dr. Sadatun Soerjohardjo (1970–1974)
8. dr. H. Amino Gondhohutomo (1974–1976)
9. dr. Utojo Sukaton (1976–1980)
10. dr. Abdullah Cholil, MPH (1980–1982)
11. Prof. dr. Mahar Mardjono (1982–1985)
12. dr. Kartono Mohamad (1985–1988)
13. dr. Azrul Azwar (1988–1991)
14. dr. Kartono Mohamad (1991–1994)
15. dr. Azrul Azwar, MPH (1994–1997)
16. dr. Merdias Almatsier (1997–2000)
17. Dr. dr. Ahmad Djojosugito (2000–2003)
18. Dr. dr. Fachmi Idris, M.Kes. (2006–2009)
19. dr. Prijo Sidipratomo, Sp.Rad (2009–2012)
20. dr. Zaenal Abidin, MH (2012–2015)
21. Prof. dr. Ilham Oetama Marsis, SpOG (K) (2012–2018)[4]
22. dr. Daeng M. Faqih, SH, MH (2018–2021)