6 Fakta Varian Omicron BA.2 yang Sulit Terlacak Tes PCR

Liputan6.com, Jakarta Varian Omicron (BA.2) merupakan garis keturunan baru varian Omicron awal (BA.1). Varian BA.2 disebutkan dalam hasil penelitian di University of London College, Inggris, sudah terdeteksi sebanyak tujuh kali di Afrika Selatan, Australia, dan Kanada yang dilaporkan terakhir pada 9 Desember 2021.

Data temuan awal para Ilmuwan yang diungkap Mashable, varian Omicron BA.2 berbeda dalam banyak hal dengan jenis yang pertama BA.1 karena varian genetik. Sub-varian itu dilaporkan tidak memiliki ciri unik gen S dengan fenomena S Gene Target Failure (SGTF) yang membuatnya sulit terlacak dengan tes Polymerase Chain Reaction (PCR) konvensional.

Meski begitu, para ilmuwan sampai saat ini masih harus mendeteksi varian Omicron BA.2 dengan tes PCR standar dan Whole Genome Sequencing (WGS). Profesor biologi struktural di Universitas Oxford, David Stuart melalui Mashable mengakui bukan tidak mungkin dan ini masih terlalu dini, serta meski pelacakan itu membutuhkan waktu lebih lama.

"Saya tidak berpikir ada alasan untuk berpikir bahwa jenis baru lebih merupakan ancaman daripada bentuk Omicron yang saat ini ada di Inggris," kata David Stuart.

Berikut Liputan6.com ulas enam fakta varian Omicron BA.2 yang sulit terlacak tes PCR, Kamis (16/12/2021).

1. Saudara Varian Omicron BA.1

Varian Omicron BA.2 adalah saudara atau garis keturunan dari varian Omicron BA.1 (varian yang berhasil dideteksi pertama kali di Afrika Selatan). Data temuan awal para Ilmuwan yang diungkap Mashable, varian Omicron BA.2 berbeda dalam banyak hal dengan jenis yang pertama BA.1 karena varian genetik.

2. Tidak Memiliki Mutasi Gen S

Varian Omicron BA.2 berbeda dengan varian Omicron pertama, meski begitu BA.2 juga membawa banyak mutasi yang sama. Hanya saja, varian Omicron BA.2 tidak memiliki mutasi gen S yang vital. Gen S adalah protein paku yang dimiliki SARS-CoV-2.

Hal ini diungkapkan pula oleh mantan Direktur Penyakit Menular WHO Asia Tenggara, Tjandra Yoga Aditama, dalam Seminar Nasional Ikatan Alumni FKUI pada Sabtu, 11 Desember 2021.

Pada keterangan tertulis yang dibagikannya kepada media, Australia telah melaporkan penemuan semacam sub-varian baru dari varian Omicron. Sub-varian itu dilaporkan tidak memiliki ciri unik SGTF atau fenomena S Gene Target Failure (SGTF).

3. Sulit Terlacak Tes PCR

Fenomena S Gene Target Failure (SGTF) atau tidak adanya mutasi 69/70 del pada gen S yang memengaruhi teknik screening. Para ilmuwan melalui Mashable mengatakan hal itulah yang menjadikan varian Omicron BA.2 jauh lebih sulit dilacak melalui tes Polymerase Chain Reaction (PCR) konvensional.

4. Ilmuwan Mengandalkan Tes PCR dan WGS

Meski begitu, para ilmuwan sampai saat ini masih harus mendeteksi varian Omicron BA.2 dengan tes PCR standar dan Whole Genome Sequencing (WGS).

Menurut mereka, bukan tidak mungkin BA.2 bisa terdeteksi. Profesor biologi struktural di Universitas Oxford, David Stuart pada kesempatan sama melansir Mashable, mengatakan ini masih terlalu dini dan pelacakannya membutuhkan waktu lebih lama.

Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit Amerika Serikat (CDC), dalam keterangan tertulisnya menjelaskan WGS adalah prosedur laboratorium untuk menentukan urutan basa dalam genom suatu organisme dalam satu proses.

WGS menyediakan sidik jari DNA yang sangat tepat yang dapat membantu menghubungkan kasus satu sama lain sehingga memungkinkan wabah terdeteksi dan dipecahkan lebih cepat.

5. Tujuh Kasus Infeksi Varian Omicron BA.2 Global

Sejauh ini varian Omicron BA.2 yang disebutkan dalam hasil penelitian di University of London College, Inggris, sudah terdeteksi sebanyak tujuh kali di Afrika Selatan, Australia, dan Kanada yang dilaporkan terakhir pada 9 Desember 2021.

6. Ada Banyak Jenis Omicron

Ahli Genetika Evolusi Universitas Basel, Emma Hodcroft melalui Finansial Times mengungkap bahwa mungkin ada lebih banyak jenis Omicron daripada yang sudah diketahui oleh para ilmuwan saat ini. Hodcroft mengakui, pelacakan secara global itu jauh lebih sulit dilakukan.

Terlepas dari kesulitan tambahan, Hodcroft mengatakan tes PCR masih berfungsi sebagaimana mestinya. Tidak ada 'jalan pintas' selain mengandalkan tes standar yang ada sekarang untuk mendeteksi varian Omicron BA.2 saat ini.

Pada penelitian data awal, Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) mengungkap varian Omicron lebih menular daripada varian Delta dan menyatakan dapat melemahkan vaksin COVID-19 yang tersedia, melalui AFP yang dikutip Senin (13/12/2021).

Bukti awal menunjukkan Omicron menyebabkan “pengurangan kemanjuran vaksin terhadap infeksi dan penularan”, kata WHO dalam penjelasan teknisnya. Dinyatakan pula, varian Omicron telah menyebar setidaknya ke 63 negara sesuai data tertanggal 9 Desember 2021.

Data yang tersedia saat ini mengenai varian Omicron menurut WHO masih belum cukup untuk menetapkan tingkat keparahan gejalanya. Demikian, sejauh ini varian Omicron masih menyebabkan sejumlah gejala ringan atau tanpa gejala di kalangan penderitanya.

Dalam konferensi pers, Jumat (3/12/2021) Kepala Urusan Darurat WHO, Dr. Michael Ryan melalui VOA mengingatkan untuk bersikap hati-hati ketika menyebut kasus varian Omicron yang “ringan” karena menurutnya “fakta bahwa sebagian besar kasusnya ringan mungkin mencerminkan fakta bahwa varian ini merebak di antara orang-orang muda yang sehat.”

Kepala Urusan Teknis COVID-19 di WHO, Maria Van Kerkhove pada kesempatan yang sama menunjukkan sebuah laporan gejala infeksi varian Omicron cukup bervariasi. Dijelaskan, kasus awal terdeteksi di “kelompok mahasiswa” yang menunjukkan gejala ringan, tetapi menambahkan bahwa mereka adalah “individu yang cenderung lebih muda, dan cenderung menunjukkan infeksi yang lebih ringan.”