Berdasarkan  Pasal 3 Peraturan Presiden Nomor 46 Tahun 2013, Batan menyelenggarakan fungsi:

1. Pengkajian dan penyusunan kebijakan nasional di bidang penelitian, pengembangan dan pendayagunaan ilmu pengetahuan dan teknologi nuklir;
2. Koordinasi kegiatan fungsional dalam pelaksanaan tugas BATAN;
3. Pelaksanaan penelitian, pengembangan dan pendayagunaan ilmu pengetahuan dan teknologi nuklir;
4. Fasilitasi dan pembinaan terhadap kegiatan instansi pemerintah dan lembaga lain di bidang penelitian, pengembangan dan pendayagunaan ilmu pengetahuan dan teknologi nuklir;
5. Pelaksanaan pembinaan dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unit organisasi di lingkungan BATAN;
6. Pelaksanaan pengelolaan standardisasi dan jaminan mutu nuklir;
7. Pembinaan pendidikan dan pelatihan;
8. Pengawasan atas pelaksanaan tugas BATAN; dan
9. Penyampaian laporan, saran, dan pertimbangan di bidang penelitian, pengembangan, dan pendayagunaan ilmu pengetahuan dan teknologi nuklir.

Dalam rangka meningkatkan efektivitas penelitian, pengembangan dan pendayagunaan pengetahuan dan teknologi nuklir, serta untuk melaksanakan amanat Undang-Undang Nomor 10 Tahun 1997, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) telah menata kembali Badan Tenaga Nuklir Nasional (BATAN).

Seperti dikutip dari laman Sekretariat Kabinet, Selasa (13/8/2013), penataan ini dituangkan melalui Peraturan Presiden Nomor 46 Tahun 2013 yang ditandatangani Presiden SBY pada 10 Juli 2013 lalu.

Dalam Pepres tersebut, BATAN adalah Lembaga Pemerintah Non Kementerian (LPNK) yang dipimpin oleh Kepala, dan bertanggung jawab kepada Presiden melalui Menteri Riset dan Teknologi.

“BATAN mempunyai tugas melaksanakan tugas pemerintahan di bidang penelitian, pengembangan dan pendayagunaan ilmu pengetahuan dan teknologi nuklir,” bunyi Pasal 2 Perpres tersebut.

Adapun organisasi BATAN terdiri atas: a. Kepala; b. Sekretaris Utama; c. Deputi Bidang Sains dan Aplikasi Teknologi Nuklir; d. Deputi Bidang Teknologi Nuklir; dan e. Deputi Bidang Pendayagunaan Teknologi Nuklir.

Regulasi baru ini juga memberikan kewenangan kepada Kepala BATAN untuk membentuk Pusat sebagai unsur pendukung pelaksanaan tugas dan fungsi BATAN, yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepela BATAN melalui Sekretaris Utama.

“Kepala adalah jabatan struktural eselon I.a; Sekretaris Utama dan Deputi adalah jabatan struktural eselon I.a; Kepala Biro, Kepala Pusat dan Inspektur adalah jabatan struktural eselon II.a,” bunyi Pasal 38 Pepres tersebut.

Menurut Perpres itu, Kepala BATAN diangkat dan diberhentikan oleh Presiden atas usul Menteri Riset dan Teknologi, sementara Sekretaris Utama diangkat dan diberhentikan oleh Presiden atas usul Kepala BATAN. Adapun pejabat struktural eselon II ke bawah diangkat dan diberhentikan oleh Kepala BATAN.

“Segala pendanaan  yang diperlukan untuk pelaksanaan tugas dan fungsi BATAN dibebankan kepada Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara,” tegas pasal 41 Perpres tersebut. 

Badan Tenaga Nuklir Nasional/Batan menyatakan pembangunan Pembangkit Listrik Tenaga Nuklir (PLTN) sudah menjadi keharusan saat ini, jika ingin melaksanakan Rencana Pembangunan Jangka Panjang Nasional (PJMN) 2005 -2025.

Deputi Bidang Teknologi, Batan, Taswanda Taryo menuturkan penggunaan nuklir sebagai sumber energi harus dimulai saat ini, karena meski pun berbagai energi telah digunakan masih saja mengalami kekurangan.

"Kami harus berpikir kalaupun dimaksimalkan tetap ada kekurangan. PLTN bukan alternatif tapi keharusan," kata Taswanda, di Jakarta, Senin (14/12/2015).

Taswanda menuturkan, jika pemerintah merencanakan pembangunan PLTN sampai 2025 maka tahun ini merupakan waktu yang tepat untuk mengambil keputusan. Hal itu karena membangun PLTN membutuhkan waktu yang panjang.

"PLTN kita perlu waktu butuh 10 tahun. Kalau pembangunan hingga PLTN 2025 ini waktu yang tepat, sebuah kenyataan PLTN membutuhkan," tutur dia.

Selain itu, pembangunan PLTN dapat meningkatkan bauran energi, yang telah diarahkan Presiden Joko widodo (Jokowi) mengenai penggunaan Energi Baru Terbarukan ‎mencapai 23 persen pada 2025. Saat ini komposisi EBT dalam bauran energi baru mencapai 10 persen.

"Sekarang diketahui kalau Indonesia sedang galakkan EBT, misalnya saja geothermal, microhydro, hingga matahari. PLTN ini menjadi salah satu sumber untuk mencapai energy mix,"‎ ujar dia.